Особое место в книге занимает возвращение героя в Морской Корпус — важную для него часть жизненного пути. Он видит значительные изменения и ремонт в здании, а также портрет, посвящённый ему, который содержит как узнаваемые детали, так и неточности. Этот момент становится важным для понимания того, насколько далеко зашла трансформация окружающего мира и самой личности Владимира.

Внутренний конфликт героя связан с необходимостью заново пройти через строгие испытания и конкуренцию, чтобы попасть в элитное подразделение гардемаринов, которое открывает большие возможности для карьеры и продвижения. Владимир знакомится с мнением близких о трудностях такого пути и серьёзности задач, стоящих перед претендентами на эту роль.

Главные препятствия в повествовании состоят в силе и хитрости врагов, которые раньше пытались его уничтожить, а также в требовании доказать свои способности и выдержать жёсткие испытания внутри военной службы. Герою приходится принимать решения, направленные на улучшение своего положения, сохранение жизни и достижение поставленных целей несмотря на опасности и сомнения.

Развитие событий ведёт к тому, что Владимир начинает шагать по пути возвращения к прежнему статусу, при этом сталкиваясь с новыми вызовами и необходимостью приспосабливаться к изменённой реальности. В книге подчёркнута тема поиска своего места и борьбы с внешними и внутренними силами, которые пытаются помешать этому. Все происшествия и действия героя направлены на укрепление его роли и выстраивание дальнейшей жизни на прочном фундаменте.

Название Гардемарин Ее Величества. Инкарнация и имена авторов Валерий Пылаев, Юрий Уленгов отражают жанр произведения, сочетающего элементы военной драмы и личностного развития.