Академия Хроноса рассказывает о молодой девушке по имени Юнила, которая приезжает в магическую школу для продолжения учебы. Она недавно поступила и пока еще не начала занятия, но уже сталкивается с трудностями, связанными с допуском на территорию академии и особым отношением к ее матери. Вызовы начинаются с того, что мать Юнилы запрещают пускать на территорию, а сама она должна разбираться с этим вопросом практически самостоятельно. Девушка сталкивается с необходимостью принять помощь от местных жителей, таких как нар по имени Громиро, который предлагает поддержку и советы.

В академии Юнила быстро погружается в учебу, благодаря особой возможности быстро усваивать знания из учебников. Ей приходится преодолевать страх и физические неудобства, связанные с новыми условиями жизни и учёбой. Девушка учится контролировать свои способности и изучает основы хронологии. Одновременно с этим появляются проблемы во взаимоотношениях с другими персонажами, включая её подругу кикимору и представителей разных рас. Эти конфликты требуют от Юнилы честности и открытости в общении, что не всегда легко даётся в новой обстановке....