В центре сюжета книги Завуч. Вторжение стоит Алексей — молодой маг, учащийся в Академии перед окончанием учебного года. Он занимается медитациями и совершенствует свои навыки в магии, испытывая на себе пользу получаемых бонусов. В привычной жизни Алексея появляются неожиданные изменения, когда начинается штурм города песеголовыми — воинственными существами, имеющими в своем составе некромантов и шаманов. Это событие резко нарушает обычный ход дел и вызывает массу проблем. Алексей оказывается вовлечен в военные действия под стенами крепости, наблюдая и участвуя в столкновениях с врагами. Важной частью событий становится взаимодействие с другими магами и командиром отряда, а также применение нестандартных методов борьбы, таких как использование ультразвука и звуковых атак против песеголовых. Главный герой сталкивается с необходимостью быстро принимать решения и использовать свои способности для поддержки обороны города.

Он помогает освобождать пленников, участвует в выполнении заданий и следит за действиями попавших в тяжелое положение товарищей. В ходе развития конфликта Алексей учится сосредотачиваться и облегчать восприятие происходящего, чтобы лучше понимать противника и использовать слабости врага. Он также осознает, что события выходят за рамки обычных учебных заданий и требуют серьезного подхода. Несмотря на напряженность ситуации, Алексей сохраняет контроль над собой и старается помогать другим, принимая на себя ответственность за происходящее. Конфликт с песеголовыми выявляет важность командной работы и владения магическими приемами для защиты города. Книга затрагивает темы преодоления трудностей, развития магических навыков и необходимости принимать трудные решения в сложных ситуациях. Главный герой движется от статуса ученика к активному участнику важных событий, что задает направление всему повествованию.