Колонизатор. Том 2 повествует о событиях, происходящих после возвращения группы колонистов с загадочного острова. Главный герой находится в ситуации, когда внезапно пропали обычные потрясения и странные явления, связанные с колонией. Он пытается насладиться периодом спокойствия, однако возникает ряд загадок и неизвестностей, связанных с местом, где расположена колония. В процессе книги он сталкивается с новыми обстоятельствами, включая неожиданные сообщения о другой колонии под названием Новоатланск, которая остается практически неизвестной и вызывает вопросы у властей.

Герой получает от начальства задание отправиться в Новоатланск под видом обычного колониста, чтобы разобраться в ситуации и составить независимый отчет о состоянии дел. Для него это означает необходимость быстро адаптироваться к новой обстановке и выяснить причины странных событий. По мере развития сюжета перед ним встают вопросы о странных местах на острове, связанных с медицинским комплексом и таинственными лабораториями, а также о причастности загадочных фигур и загадок, окружающих прошлое колонии. Главные конфликты связаны с попытками разобраться в загадочных феноменах, выявить истинное положение дел и сохранить контроль над ситуацией....