Основная проблема, с которой сталкивается Родриго, — непростое положение пленника и необходимость взаимодействовать с чужой культурой, чтобы сохранить жизнь. Ему приходится тщательно выбирать слова и решения, чтобы угодить хозяевам и найти путь к выживанию. Одновременно он наблюдает за политической и военной ситуацией, в которой Испания пытается расширить свои земли, но сталкивается с неожиданным сопротивлением.

Влад Поляков через повествование показывает, как Родриго и его окружение видят Новый Свет не только как неизведанную территорию, но и как поле для столкновения культур и интересов. На фоне этих событий видны внутренние противоречия среди европейцев, усилия по приспособлению к обстановке, и попытки сохранить контроль. В то же время описываются политические ходы, связанные с семьёй Борджиа, которые стремятся сохранить и приумножить своё влияние.

Родриго принимает решение использовать свои знания для того, чтобы стать полезным пленникам и тем самым обеспечить себе относительно безопасное положение. Его задача — передать сведения о морских делах и кораблестроении, что может быть значимо для местных правителей. Тем самым он снижает угрозу своей жизни и получает возможность влиять на ситуацию.

История заканчивается на том, что столкновение цивилизаций и необходимость выживания заставляют героя пересмотреть прежние взгляды и выбрать путь сотрудничества вместо конфронтации, хотя и находится он в условиях постоянной опасности и нестабильности. Главная тема заключается в сложных правах выбора и необходимости адаптации в условиях непредсказуемого мира.

Описание к книге Борджиа: Кровавый Новый Свет Влад Поляков предлагает изучение процессов культурного и политического столкновения, а также последних попыток сохранить власть в новых условиях и условиях изменяющегося мира.