Основные трудности связаны с необходимостью восстановить память и определить, как управлять функциями и вести их. Герой получает информацию о повреждениях и ограничениях передвижения, сталкивается с неполной синхронизацией и сложностями командования. Ему приходится проводить допросы пленённых функций, используя виртуальную реальность для получения сведений, и разбираться с внутренними конфликтами. В тех ситуациях он видит, что функции постепенно эволюционируют и развивают индивидуальность, что меняет их поведение.

В ходе развития сюжета герой и его спутники исследуют местность, пытаются понять причины масштабного противостояния и ищут ответы на глобальные вопросы о целях Иерархии. Возникает дилемма между сохранением собственного вида и моральными проблемами уничтожения других разумных форм. Герой размышляет о том, как развитие и выживание влияют на будущее цивилизаций, и понимает, что выборы, которые они делают, имеют серьёзные последствия.

Для решения сложившейся ситуации герой применяет опыт ведения боя и взаимодействия с функциями, пытается организовать децентрализацию структуры противника для ослабления её контроля. Важным элементом становится установление контакта с искусственными интеллектами и попытка наладить взаимопонимание, что помогает ему лучше понять, с кем и с чем он имеет дело.

История сосредоточена на теме выживания в условиях войны с технологически превосходящим врагом, изучением сознания и структуры противника, а также поиском пути для продолжения существования своего вида без необратимого разрушения окружающего мира.